Estudio mediante técnicas moleculares del tanatomicrobioma intestinal en la estimación del intervalo post mortem temprano empleando un modelo de ratón / Early post mortem interval estimation in a mouse model using molecular analyses of the gut thanatomicrobiome

Introducción: en la actualidad, la falta de métodos cuantitativos fiables ha llevado a distintas líneas de investigación a buscar un modelo que prediga el intervalo post mortem (IPM). El tanatomicrobioma, presente desde el momento de la muerte, parece sufrir cambios predecibles y que siguen una correlación con el IPM.Materiales y métodosse ha analizado experimentalmente el comportamiento del tanatomicrobioma en la región del intestino delgado posterior y del colon ascendente durante las primeras 24 h de descomposición en Mus musculus. Para ello, se ha llevado a cabo una aproximación molecular basada en el análisis del gen ribosomal 16S (ARNr 16S) mediante electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE) y, seguidamente un análisis de la alfa y beta diversidad.Resultadoslos resultados basados en el análisis de los índices de diversidad ecológica reflejaron cambios estadísticamente significativos antes de las 12 h, y un descenso de la diversidad a partir de esas 12 h postmortem, siendo este estadísticamente significativo en las 2 regiones intestinales analizadas. Por otro lado, el estudio comparativo de las comunidades microbianas mostró que cambian estructurada y diferenciablemente desde el momento de la muerte, alejándose en similitud de las mostradas en vida (IPM 0 h).Discusiónestos resultados coinciden con el descenso de la diversidad sugerido a largo plazo por distintos autores. Sin embargo, en las condiciones del estudio, se ha visto que este descenso no se inicia hasta las 12 h. Conclusión como conclusión, se han podido establecer, según los cambios en la diversidad bacteriana, fases de la dinámica bacteriana durante la descomposición que podrían ayudar a mejorar los modelos de correlación microbiana para la estimación del IPM. (AU)

Introduction: Currently, the lack of reliable quantitative methods has led different research lines to find a model that predicts the postmortem interval (PMI). The thanatomicrobiome, present from the moment of death, has been shown to change in predictable ways, allowing a correlation with PMI.Materials and methodsIn this study, the shifts of the thanatomicrobiome in the region of the posterior small intestine and the ascending colon in Mus musculus during the first 24 hrs of decomposition have been analyzed experimentally. For this purpose, a molecular approach based on the analysis of the 16S ribosomal gene (16S rRNA) and a denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) was adopted, followed by analyses of the ecological diversity indices Alpha and beta diversity.ResultsThe results based on the analysis of the ecological diversity indices reflected statistically significant changes before 12 hrs, and a decrease in diversity after 12 hrs postmortem, this being statistically significant in the two intestinal regions analyzed. Moreover, the comparative study of microbial communities indicated distinct and structured changes from the moment of death, with shifts in the degree of similarity from the composition detected in life (PMI 0 hrs).DiscussionThese results agree with other studies demonstrating a decrease in microbial diversity. However, under the conditions of the study, this decrease does not begin until 12 hrs after death. Conclusions: In conclusion, by examining the dynamics of bacterial diversity our study has identified phases during decomposition that could help to improve microbial correlation models for PMI estimation. (AU)

Diversidad, riqueza de especies y abundancia relativa de mosquitos adultos (Diptera: Culicidae) en localidades del municipio Gran Sabana, edo. Bolívar / Diversity, species richness and relative abundance of adult mosquitoes (Diptera: Culicidae) in localities of the Gran Sabana municipality, Bolívar state

Este estudio forma parte de la primera etapa de una serie de estudios sobre la ecología, biodiversidad y biogeografía de los mosquitos de la familia Culicidae de Venezuela, principalmente en Bolívar y Delta Amacuro. El objetivo del estudio fue caracterizar la composición de especies, la abundancia y la biodiversidad de mosquitos (Diptera; Culicidae) en el municipio Gran Sabana del estado Bolívar. Las capturas de mosquitos adultos se realizaron con aspiradores bucales mediante capturas por atracción al cebo humano y con trampas de luz negra. Se determinó la riqueza de especies, su abundancia relativa e índices ecológicos de diversidad Shannon-Wiener (H'), equidad de Simpson (E) y dominancia-D, del área general de estudio y sitios o comunidades de muestreo. Los resultados del estudio, generaron el registro de 7.860 ejemplares adultos de Culicidae identificados a nivel de especie, pertenecientes a 69 especies y 17 géneros, de ellos 7.797 (99,19%) fueron hembras adultas capturadas picando o con trampas de luz y 63 (0,81%) fueron machos capturados con trampas de luz. El 16,6% (1.297) de las hembras fue atraído por trampas de luz y el 83,4% (6.500) por cebo humano. Entre las especies más abundantes del estudio están: Culex quinquefasciatus (26,67 %), Anopheles peryassui (12,32 %), Aedes aegypti (11,87 %), Coquilletidia juxtamansonia (8,28 %), Anopheles braziliensis (6,97 %) Anopheles triannulatus s.l. (6,39 %), Coquilletidia nigricans (2,88 %), Coquilletidia venezuelensis (2,51 %) y Anopheles albitarsis s.l. (2,44 %), las cuales en conjunto representan 80,33 % del total de adultos capturado. Se discuten algunos aspectos sobre su ecología, importancia médica y el riesgo epidemiológico que representan para el país algunas especies reportadas. La diversidad de Shannon-Wiener (H') del área general de estudio fue de 2,665, la equidad de Simpson (E) fue igual a 0,8787222 y la dominancia (D) fue de 0,1213. El mayor índice de diversidad (Shannon-Wiener) ocurrió en Chiririka (2,675), seguido de Betania (2,409), Santa Elena Capital (2,354), Manak-Krü (2,203) y Waramasén (2,181). En cuanto a la riqueza de especies por localidad, las comunidades con mayor riqueza de especies fueron: Santa Elena (Capital), Waramasén y Chiririka con 50, 35 y 30 especies respectivamente, seguidas por San Antonio del Morichal con 23 y Kinok-Pon Parú, con 22 especies(AU)

This is the first part of a series of studies related to biodiversity, ecological and biogeographic aspects of the mosquitoes of Culicidae family in Venezuela. The objective of this study was the ecological characterization of species composition, diversity and abundance of Culicidae mosquitoes (Diptera: Culicidae) in the Gran Sabana Municipality, Bolívar State. Mosquitoes were captured in adult collections, with aspirators on human landing catches and with black light traps. A total of 7.860 adult's mosquitoes were collected and 69 species and 17 genera of Culicidae were identified. A total of 7.797 mosquitoes (99.19%) were females and 63 (0,81%) were males. Some 16,6 % (1.297) of females mosquitoes were attracted to the light traps and 83,4% (6.500) to human bait. The most abundant species in adult stage were: Culex quinquefasciatus (26,67%), Anopheles peryassui (12,32 %), Aedes aegypti (11,87 %), Coquilletidia juxtamansonia (8,28%), Anopheles braziliensis (6,97%), Anopheles triannulatus s.l. (6,39%), Coquilletidia nigricans (2,88%), Coquilletidia venezuelensis (2,51%) and Anopheles albitarsis s.l. (2,44%). Their medical importance of some mosquito species is commented, and some ecological and epidemiological aspects of the mosquito reported are discussed. The diversity index (Shannon-Wiener) of the estudy area was 2,665, the Simpson equity index was 0, 8787222 and the index of dominance was 0, 1213. The higher diversity index was registered in Chiririka (2,675), Betania (2,409), Santa Elena Capital (2,354), Manak-Krü (2,203) and Waramasén (2,181). The higher species richness was registered in Santa Elena (50 species), Waramasén (35 species), Chiririka (30 species), San Antonio del Morichal (23 species) and Kinok-Pon Parú (22 species) (AU)

Comparison of Drosophilidae (Diptera) assemblages from two highland Araucaria Forest fragments, with and without environmental conservation policies / Comparação das assembleias de Drosophilidae (Diptera) de dois fragmentos de floresta de araucária de altitude, com e sem políticas de conservação ambiental

Flies from the Drosophilidae family are model organisms for biological studies and are often suggested as bioindicators of environmental quality. The Araucaria Forest, one of Atlantic Forest phyto-physiognomy, displays a highly fragmented distribution due to the expansion of agriculture and urbanization. Thus, this work aimed to evaluate and compare the drosophilid assemblages from two highland Araucaria Forest fragments, one a conservation unit (PMA – Parque Municipal das Araucárias) and the other a private property without any conservational policy (FBL – Fazenda Brandalise), in space and time, using species abundances and richness, ecological indexes and Neotropical and exotic species proportions as parameters to establish the level of environmental quality of these fragments. Our results showed that the observed diversity in PMA (H′ = 2.221) was approximately 40% higher than in FBL (H′ = 1.592). This could be due to higher preservation quality and habitat diversity in PMA, indicating the importance of conservation units. However, richness were similar for these areas, with PMA (Dmg = 6.602) only 8% higher than FBL (Dmg = 6.128), which suggest that the larger distance from city limits and the larger size of FBL forested area could be compensating the higher disturbance caused by antrophic extractive exploitation of this fragment. This points out that, besides the quality of presevertion, the size and/or connection with other fragments should be considered for areas destined for biodiversity conservation. In general, both areas presented similar drosophilid assemblages, and the expressive abundance of both Neotropical species (mostly of the subgroup willistoni) and the exotic species D. kikkawai suggests that these areas are in intermediate stages of conservation.

Moscas da família Drosophilidae são organismos modelo para estudos biológicos e frequentemente sugeridas como bioindicadoras da qualidade ambiental. A Mata de Araucária, uma das fitofisionomias da Mata Atlântica, apresenta-se altamente fragmentada devido a expansão da agricultura e da urbanização. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar e comparar as assembleias de drosofilídeos de dois fragmentos de Mata de Araucária de altitude, uma área de preservação (PMA – Parque Municipal das Araucárias) e uma propriedade particular e sem política de conservação (FBL – Fazenda Brandalise), no tempo e no espaço, utilizando abundâncias e riquezas das espécies, índices ecológicos e proporções de espécies neotropicais e espécies exóticas como parâmetros para estabelecer o nível de qualidade ambiental destes fragmentos. Nossos resultados mostraram que a diversidade observada em PMA (H′ = 2,221) foi 40% maior do que em FBL (H′ = 1,592). Isto pode ser devido a maior qualidade de conservação e diversidade de habitats encontrados em PMA, indicando a importância das unidades de conservação. Contudo, os índices de riqueza foram similares para estas áreas, com PMA (Dmg = 6,602) sendo apenas 8% maior que FBL (Dmg = 6,128), o que sugere que a maior distância do entorno da cidade e a maior área de mata de FBL poderiam estar compensando o distúrbio ambiental causado pela exploração extrativista antrópica nesta área. Isto destaca que além da qualidade de preservação, o tamanho e/ou conexão com outros fragmentos deveriam ser considerados para áreas destinadas a conservação da biodiversidade. De maneira geral, ambas áreas amostradas apresentaram assembleias de drosofilídeos semelhantes, e a abundância expressiva tanto de espécies neotropicais (a maioria pertencente ao subgrupo willistoni) quanto da espécie exótica D. kikkawai sugere que estas áreas estão em estágio intermediário de conservação.

Ectoparasitic crustaceans on mullet, Mugil curema (Osteichthyes: Mugilidae) in the coastal waters of Rio Grande do Norte State, Brazil / Crustáceos ectoparasítos em tainha, Mugil curema (Osteichthyes: Mugilidae) nas águas costeiras do Estado do Rio Grande do Norte, Brasil

White mullet is a commercial fish species abundant in the coastal waters of Brazil. This study investigated the occurrence of crustacean ectoparasites on white mullet, Mugil curema captured from the littoral waters of Rio Grande do Norte State, Brazil. From 2006 to 2007, 31 individuals of M. curema were captured and encountered ectoparasites were observed, identified and counted. M. curema was parasitized by ectoparasitic crustaceans, caligid copepods, Caligus bonito and Caligus sp.; ergasilid copepods, Ergasilus versicolor and E. lizae; and isopod Cymothoa spinipalpa. Of the caligids detected, 66.66% were C. bonito and 33.33% Caligus sp. C. bonito occurred on males of M. curema during the drought season and Caligus sp. occurred on females during the rainy season. The prevalence of both caligid species was 3.23%. Of the ergasilids detected, E. versicolor (91.67%) occurred during the drought and rainy seasons, whereas E. lizae (8.33%) occurred during the rainy season. Prevalence of E. versicolor was 35.48% and E. lizae was 3.23%. C. spinipalpa was detected during the drought and rainy seasons with a prevalence of 16.13%. The preferred site of fixation by the parasites was the branchial chambers.

As tainhas são peixes marinhos de valor comercial, abundantes em águas costeiras brasileiras. O presente estudo investigou a ocorrência de crustáceos ectoparasitos na tainha, Mugil curema no litoral do Rio Grande do Norte. Foram capturados 31 exemplares de M. curema no período de março de 2006 a março de 2007 e os ectoparasitos encontrados foram coletados, observados, identificados e quantificados. M. curema foi parasitado por vários crustáceos ectoparasitos: caligídeos: Caligus bonito e Caligus sp.; ergasilídeos: Ergasilus versicolor e E. lizae; e isópode Cymothoa spinipalpa. Dos caligídeos detectados 66,66% foi de C. bonito e 33,33% de Caligus sp. Caligus bonito ocorreu somente nos machos de M. curema durante a estação seca e Caligus sp. ocorreu somente nas fêmeas durante a estação de chuva. A prevalência de caligídeos foi 3,23%. Dos ergasilídeos detectados, E. versicolor (91,67%) ocorreu durante ambas as estações de chuva e seca, enquanto que E. lizae (8,33%) ocorreu somente durante a estação de chuva. A prevalência de E. versicolor foi 35,48% e de E. lizae foi 3,23%. Isópodo C. spinipalpa foi encontrado no período seco e de chuva com uma prevalência de 16,13%. O local de fixação preferido pelos parasitos copépodos e isópodos foi a câmara branquial do M. curema.

Monitoreo de la ictiofauna usando grupos taxonómicos superiores en el Parque Nacional Cabo Pulmo, México

Ichthyofauna monitoring using higher taxa in Cabo Pulmo National Park, México. The uses of biological indicators allow to save time, resources and staff efforts when monitoring programs are conducted. The reef fishes are among the species with biggest potential as indicators since they are conspicuous, easy to identify in the field and have ecological and economical importance. The objective of this study was to evaluate the usefulness of higher taxa to predict fish ecological indices in Cabo Pulmo reef. We generated multiple stepwise regression equations with species abundance data grouped at genera and family levels as factors, and using ecological indices (H´, J´, Δ*) as dependent variables. To test the efficiency of the models, the expected indexes were compared with those observed in the field during independent test surveys. Results showed that all models were highly significant, and the best fit occurred at genus level to H´, while those used for Δ*, based on family data level, were less precise. The proportion of variables required to apply prediction models of any ecological index never exceeded 41% of the total taxa (genera or families). In conclusion, the use of regression methods to determine higher taxa indicators is adequate and represents a good potential to be used in monitoring programs. In addition, the use of genera and families as indicators provide logistic benefits as training for monitors is less intense and expensive. Finally, the use of expected-observed comparisons to measure the quality of the evaluations can be useful for managers in order to interpret and communicate results of the scientific endeavors to the society, so they in turn can participate and help to improve and facilitate long-term monitoring at Cabo Pulmo National Park. Rev. Biol. Trop. 59 (2): 871-885. Epub 2011 June 01.

El uso de indicadores biológicos es una herramienta útil para la descripción de las comunidades y permite ahorrar recursos en programas de monitoreo. Con el fin de evaluar el potencial bioindicador de grupos taxonómicos superiores en el Parque Nacional Cabo Pulmo, México, se construyeron modelos de regresión múltiple por pasos con valores de abundancia agrupados a nivel género y familia como predictores, mediante el uso de variables dependientes, los índices ecológicos de diversidad (H’), equidad (J’) y distintividad taxonómica (Δ*). Posteriormente se compararon los resultados de los modelos contra los valores de los índices ecológicos observados en un muestreo independiente. Los resultados mostraron que todos los modelos fueron altamente significativos; los valores más altos del coeficiente de determinación se obtuvieron en las regresiones aplicadas a H’, mientras que las usadas por Δ* fueron las menos precisas. Los resultados sugieren que los modelos predictivos aquí generados son susceptibles de ser aplicados en un programa de monitoreo. Este estudio sugiere la implementación de un programa de monitoreo a largo plazo basado en bioindicadores de la estructura comunitaria de peces en el Parque Nacional Cabo Pulmo, el cual combine la precisión con la facilidad de obtención de datos.

Seasonal variation in the copepod community structure from a tropical Amazon estuary, Northern Brazil

The main purpose of this study was to investigate the seasonal variation of copepod community structure during the months of July, September and November 2003 (dry season) and January, March and May 2004 (rainy season) in the Curuçá estuary, northern Brazil. Samples were collected during neap tides via gentle 200µm mesh net tows from a small powerboat. Measurements of surface water conductivity were accomplished in situ using an electronic conductivimeter and salinity was later obtained through the transformation of the conductivity values. Salinity varied seasonally from 7.2 ± 0.1 to 39.2 ± 1.8 (mean ± standard deviation) and was influenced mainly by differences in the amount of rainfall between the studied sampling seasons. In total, 30 Copepoda taxa were identified and Acartia tonsa comprised the most representative species throughout the entire studied period followed by Acartia lilljeborgii, Subeucalanus pileatus and Paracalanus quasimodo. In the present study, the density values, ecological indexes and copepod species dominance presented a clear seasonal pattern, showing that the studied area may be considered seasonally heterogeneous in relation to the investigated parameters.

O presente estudo teve como objetivo principal avaliar a variação sazonal na estrutura da comunidade dos copépodos durante os meses de julho, setembro e novembro de 2003 (período seco) e janeiro, março e maio de 2004 (período chuvoso) no estuário do Curuçá, Norte do Brasil. As amostras foram coletadas nas marés de quadratura com auxílio de uma rede deplâncton com 200µm de abertura de malha, rebocada por meio de uma pequena embarcação a motor. As medidas de condutividade da água foram realizadas in situ utilizando-se um condutivímetro eletrônico e a salinidade foi posteriormente obtida através da transformação dos valores de condutividade. Os valores de salinidade variaram sazonalmente de 7, 2 ± 0, 1a 39, 2 ± 1, 8 (média ± desvio padrão), tendo sido principalmente influenciados pelas diferenças nas taxas de precipitação entre os períodos de amostragem estudados. Foram identificados no total 30 táxons, com Acartia tonsa constituindo a espécie mais representativa durante todo o período de estudo,seguida por Acartia lilljeborgii, Subeucalanus pileatus e Paracalanus quasimodo. Durante este trabalho, os valores de densidade, índices ecológicos e dominância das espécies de copépodos apresentaram um padrão sazonal claro, mostrando que a área estudada pode ser considerada sazonalmente heterogênea em relação a estes parâmetros investigados.